一、项目背景
EB病毒(EBV)是一种普遍存在的人类疱疹病毒,感染性强。EBV可通过唾液传播,家庭内传播是最常见的感染途径,感染多发生在儿童。感染后,EBV定植于鼻咽区的淋巴细胞和上皮细胞,并产生子代病毒进入唾液。无症状的EBV感染的宿主多为婴儿,而青少年中引起传染性单核细胞增多症(IM)。在我国南方,EBV相关疾病多表现为鼻咽癌,而不是NK/T细胞淋巴瘤,可能是由于宿主遗传背景的差异所致。慢性活动性EBV感染被认为在免疫缺陷状态下,免疫系统不能清除病毒所致。对慢活EB的诊断,大部分认为是反复出现3个月以上,就可以诊断。通过病毒的基因组学,能否看看对不同免疫细胞的整合和影响,最终就导致了这种现象。
山东省同心家园公益基金会发起成立EB病毒全基因组长读长基因测序项目,资助医学团队对慢性活动性EB感染患者的EB病毒全基因组进行Pacbio三代长读长测序。因为长读长的优势,一方面可以对EB病毒全基因组进行全长测序,一方便可以对EB病毒整合到人基因组序列进行分析。通过分析EB病毒的全基因组序列、EB病毒插入到人体基因组区域和慢性活化EB病毒感染患者临床表型和预后,以期望找到慢性活化EB病毒感染特定的预后与EB病毒插入到人基因组特定的染色体区域的相关性,以期望找到特定的靶向药物和基因治疗靶点。希望通过基因组学研究,早期识别慢活EB的患者,做到早期诊断。
二、项目概况
(一) 项目类型:□扶贫 □济困 □恤病 □助残 ☑助医
(二) 项目名称:EB病毒全基因组长读长基因测序项目
(三) 目标对象:慢性活动性EB病毒感染患者。
(四) 近期目标:完成50例EB病毒全基因组长度长基因测序。
(五) 远期目标
通过分析EB病毒的全基因组序列、EB病毒插入到人体基因组区域和慢性活化EB病毒感染患者临床表型和预后,以期望找到慢性活化EB病毒感染特定的预后与EB病毒插入到人基因组特定的染色体区域的相关性,以期望找到特定的靶向药物和基因治疗靶点。希望通过基因组学研究,早期识别慢活EB的患者,做到早期诊断。
(六) 项目周期:2023年2月1日至2023年12月31日
(七) 实施地区:北京
(八) 项目资助对象:首都儿科研究所附属儿童医院血液内科主任 刘嵘
专家介绍:主任医师,首都儿科研究所血液内科主任。擅长儿科血液疾病及儿童肿瘤的临床诊断及治疗,尤其擅长儿童白血病、淋巴瘤、郎格罕细胞组织细胞增生症、嗜血细胞综合症,儿童恶性实体肿瘤的诊断、治疗。并多年从事婴幼儿造血干细胞移植治疗相关疾病的临床工作。 参与国家高技术研究发展计划(863计划)资助项目(2007AA021004)参与吴阶平医学基金研究项目“儿童异基因造血干细胞移植后免疫耐受和免疫功能重建的研究”。指导申请所青年基金项目3个:1、WAS不同基因突变对WASP表达、患儿表型及治疗影响的研究初探;2、儿童再生障碍性贫血患儿外周血染色体端粒长度变化及与预后关系的研究;3、儿童高危急性白血病的分子学异常与预后分析。近五年在核心杂志发表文章3篇。北京大学医学部临床教育基地带教老师。
三、项目方案
1. 临床募集50例临床确诊慢性活化性EB病毒感染患者。
2. 收集40患者临床表型、生化、病理等检测结果。
3. 收集患者5ml的血液样本。
4. 提取病毒基因组和人体基因组
5. 开展EB病毒全基因捕获建库
6. 采用PacBio SIIe疫情进行三代测序,准确度达到99.95%,reads的N50大于10Kb.
7. 三代测序技术数据分析,分析EB病毒的序列、EB病毒整合到人体的基因组部位
8. 分析不然EB病毒序列、EB病毒整合序列与患者临床表型相关性。
9. 数据整理及总结
10. SCI文章发表